Le parcours se développe à travers quatre grandes sections thématiques :
L'essentiel du fonds exposé provient des collections constituées à partir de 1955. Des acquisitions régulières, des dons très importants de particuliers et d'industriels sont venus enrichir cette collection.
Le musée possède un important fonds d'étiquettes de cognac. En 2003, avec la donation Paul Ronne le fonds d’étiquettes du musée change de dimension. Collectionneur infatigable, Paul Ronne démarche depuis de nombreuses années les Maisons de cognac à la recherche d’étiquettes. Conquis par le projet du musée des arts du cognac, il a fait don de près de 25 000 modèles de sa collection, à la ville, ce qui constitue un ensemble très représentatif des étiquettes de cognac des XIXe et XXe siècles.
Début 2005, la Société Martell & Co a fait don à la Ville de Cognac d’un important lot d’archives et d’objets témoignant de l’activité des Maisons Augier, Robin et Briand. Parmi ceux-ci, des dizaines de modèles illustrant l’évolution des gammes d’étiquettes utilisées par les maisons Augier et Jules Robin du XIXe au XXe siècle sont venues enrichir les collections du musée.